En 1866 se firma el Tratado de Límites entre Chile y Bolivia poniendo término a una cuestión limítrofe pendiente entre Bolivia y Chile, planteada desde la fundación de Bolivia en 1825 cuando se independiza de España y se separa del Perú. En este tratado se fijaban por primera vez los límites y se establecían los derechos de exportación correspondientes a cada país. Las dificultades encontradas para implementar la administración del tratado llevaron en 1873 a su modificación, buscando una solución pacífica entre ambas naciones.

A lo largo de los meses subsiguientes, el gobierno boliviano se abstuvo de implementar la ley mientras se discutían las objeciones presentadas por el gobierno chileno. El 8 de noviembre, el canciller Alejandro Fierro envió una nota al canciller Martín Lanza indicando que el Tratado de 1874 podría declararse nulo si se insistía en cobrar el impuesto, renaciendo los derechos de Chile anteriores a 1866. El17 de noviembre, el gobierno de La Paz ordenó al prefecto del departamento de Cobija que aplicara la ley del impuesto para iniciar las obras de reconstrucción de Antofagasta. Aunque ambas partes propusieron la resolución del conflicto por vía de un arbitraje, tal como lo contemplaba el Protocolo de 1875, este no llegó a realizarse ya que mientras el gobierno de Chile exigía que se suspendiera la ejecución de dicha ley hasta que su legalidad fuese determinada por un árbitro, el gobierno de Bolivia exigía que el blindado Blanco Encalada y sus fuerzas navales se retiraran de la bahía de Antofagasta. El 6 de febrero, ante las protestas por parte de la Compañía de Salitres por la ley del impuesto y dado que el contrato no había cumplido con los trámites para declararlo, el gobierno de Bolivia rescindió el contrato con la Compañía de Salitres y Ferrocarriles de Antofagasta. El prefecto Zapata ordenó rematar sus bienes para cobrar los impuestos generados desde febrero de 1878.

En lo que respecta a Chile, el cobro del impuesto de 10 centavos sobre quintal exportado violaba el artículo IV del Tratado de límites de 1874. Por ello, dicho impuesto encontró una gran resistencia por parte de los propietarios de la empresa afectada y una cerrada defensa de su causa por parte del gobierno de Santiago, desencadenándose un conflicto diplomático.